Гастроэнтерология и гепатология

При выявлении наиболее частых патогенных микроорганизмов желудочно-кишечного тракта доминируют классические бактериологические методы. Это касается стандартных способов диагностики колибактериоза, сальмонеллеза, кампилобактериоза, основанных на культивировании микроорганизмов, выявлении микробных антигенов и оценке титров специфических антител. ПЦР-диагностику инфекционных заболеваний кишечника применяют нечасто, например для диа­гностики патогенных грибов, анаэробных бактерий или вирусных заболеваний (в частности, энтеровирусной инфекции). Определение генных вариантов микро­организмов можно проводить в целях выявления особо патогенных генотипов (например, стрептококка, Escherichia coli и др.). В последние годы разрабатываются методы выявления мутаций, ведущих к лекарственной резистентности микробов к специфической химиотерапии. Сейчас доступны отечественные тест-системы для ПЦР-диагностики генов устойчивости к тетрациклину и эритромицину в популя­циях уреаплазмы. Выявление генов резистентности следует проводить в чистых культурах микроорганизмов, что значительно увеличивает продолжительность и повышает стоимость исследования.

Существенное значение генная диагностика имеет при выявлении Н. pylori. Прямое обнаружение бактериальной ДНК в локальных пробах и слюне является фактором повышенного риска язвенной болезни желудка и ее осложнений. При этом необходимо определять патогенные штаммы этого микроорганизма (пози­тивные по cag, иге, vac и ряду других генов). Повышенная патогенность микро­организмов связана с наличием у них специфических факторов, которыми могут быть клеточные токсины, ферменты, разрушающие окружающие ткани, белки, подавляющие иммунный ответ, и др. Выработка этих факторов контролируется соответствующими генами, которые часто образуют в геноме так называемые островки патогенности.

Наиболее важным приложением генной диагностики в гепатологии является детекция вирусных гепатитов. Вирусы гепатитов, способных вызывать поражение печени, относятся к различным семействам, имеют разные биологические свой­ства. Тактика лечения заболевания будет значительно отличаться в зависимости от этиологии. Таким образом, адекватная этиологическая диагностика вирусных гепатитов является наиболее значимой задачей, решение которой невозможно без использования современных молекулярно-биологических методов, одним из которых является ПЦР.

ПЦР используют для обследования контактных людей и более раннего выявле­ния заболевших гепатитом А в очагах инфекции, так как РНК вируса гепатита А появляется в крови больного с гепатитом А гораздо раньше, чем антитела.

ПЦР в диагностике гепатита В применяется:

§ для качественного обнаружения ДНК;

§ ранней диагностики острого гепатита В - ДНК вируса гепатита В обнару­живают в крови больного с гепатитом В в среднем на 20 дней раньше, чем HBAg;

§ количественной оценки вирусной нагрузки;

§ выявления мутантных штаммов вируса гепатита В;

§ выявления скрытых форм вирусного гепатита В;

§ диагностики хронического гепатита В;

§ контроля эффективности противовирусной терапии. ПЦР в диагностике гепатита С позволяет:

§ установить факт инфицирования гепатитом С;

§ установить показания к противовирусному лечению;

§ выбрать оптимальную схему лечения;

§ оценить эффективность проводимого лечения.

Первичная диагностика гепатита С традиционно основана на выявлении специ­фических антигенов и антител. Однако от момента инфекции до выработки анти­тел проходит значительное время (серонегативное окно). Обнаружение вирусной РНК в плазме больных на ранних этапах инфекции — важный критерий диагноза. Особую роль играет эпидемиологическая опасность гепатита С, что диктует необ­ходимость ПЦР-скрининга в группах высокого риска (в частности, у больных при многократных гемотрансфузиях, а также среди «шприцевых» наркоманов).

Вирус гепатита С (ВГС) обладает значительной генетической вариабельностью. В ходе генных мутаций возникают варианты с измененным антигенным составом, что затрудняет серологическую диагностику. Именно поэтому детекция вирусной РНК методом ПЦР является единственным методом ранней диагностики этого заболевания.

Когда решается вопрос о терапии ВГС и ее длительности, прогностически благо­приятными факторами считаются молодой возраст больного, низкий уровень РНК ВГС в плазме крови (менее 10⁴ генокопий в 1 мл плазмы), а также определенные генотипы вируса (2 или 3). Генотипирование ВГС у ПЦР-положительных боль­ных проводят с образцами комплементарной ДНК, полученной из вирусной РНК методом обратной транскрипции, посредством амплификации типоспецифических участков генома. Наиболее часто в Европе встречаются 6 типов вируса.