Задачи и вопрoсы

1.Дана последовательность ДНК:

5’-ATCGCCGCAACGAGACGACTGCGCATCGTCTCGTTGCG–3’

3’-TAGCGGCGTTGCTCTGCTGACGCGTAGCAGAGCAACGC-5’.

В ходе ПЦР будет использоваться праймер со следующей последовательностью 5’-C G C A A C G A G A C-3’. Установите длину ампликона.

2. В ходе этапа выделения было получено ДНК 888 клеток. Был подобран праймер, который обусловливает амплификацию фрагмента ДНК длиной 500 п. н. Достаточно ли 29 циклов ПЦР для визуальной детекции данного фрагмента?

3. Дана последовательность ДНК:

5’-ATGCGGCATTGGAGACTCTCTGAGCACTGCGCATCGCAA-3’

3’-TACGCCGTAACCTCTGAGAGACTCGTGACGCGTAGCGTT-5’.

В ходе ПЦР могут быть использованы следующие праймеры:

а. 5’-G C G G C A T T G G-3’,

б. 5’-G A C T C T C T G A-3’,

в. 5’-T T G C GA T G CG-3’,

г. 5’-A G A C T C T C T G-3’.

Отжиг каких пар праймеров даст продукты амплификации? Какой длины будут ампликоны, если смешать все праймеры?

4. Если бы Кэри Мюллис в 1983 году (25 декабря) запустил амплификацию одного фрагмента ДНК из одной клетки эпителия кожи, то сколько бы копий ампликона наработалось к сегодняшнему дню? Скорость ПЦР – 1 цикл в день.

5. В ходе ПЦР было получено 7 фрагментов разной длины. ДНК было выделено из 7 клеток. Использовался только один тип праймера. Сколько раз отжегся праймер в первом цикле ПЦР?

Сколько раз отжегся праймер во втором цикле ПЦР?

6. В ходе ПЦР образуется 1 фрагмент ДНК. ДНК была выделена из одной клетки. Полимеразная цепная реакция была прервана во время стадии денатурации ДНК 9-го цикла. Насколько уменьшилось количество свободных молекул праймера?

8. Во время детекции продуктов амплификации можно видеть, что некоторые ампликоны имеют разную толщину. Почему?

9. Почему для проведения ПЦР нельзя использовать

ДНК-полимеразу человека, растительное масло, обычную воду?

10. В ходе ПЦР амплифицируется 1 ДНК-фрагмент. ПЦР была прервана на 35 цикле (III стадия). В ходе ПЦР используется праймер 5’-C A T C A T C A T -3’. Какой будет длина ДНК-фрагмента, если объединить все молекулы праймера, которые успели отжечься к этому моменту?

11. Сколько нужно молекул праймера, чтобы амплифицировался 1 фрагмент ДНК в течение 26 циклов?

12. В составе генома человека приблизительно 3,2 миллиарда пар нуклеотидов. В ходе ПЦР амплифицируется фрагмент ДНК длиной 524 п.н. Сколько понадобится циклов ПЦР, чтобы сумма двухцепочечных ампликонов по количеству п. н. стала в 7 раз больше, чем геном человека?