Некоторые лингвисты (главным образом представители Санкт-Петербургской фонологической школы) считают морфологический принцип основным принципом орфографии

Действительно, одни и те же морфемы в разных словах и в разных формах одного слова могут писаться одинаково. Но очень часто одни и те же морфемы передаются на письме неодинаково. Так, в словах город и горожанин один и тот же корень пишется по-разному. Исторические чередования, отражаемые на письме, разрушают единство написания морфем. В корнях и во многих аффиксах такие нефонетические чередования обычны; ср.: жечь — жжение — жгучий — зажигать — поджог, изгибать — изогнуть, мышонок — мышонка — мышоночек, молодой — старый.

Нефонетические чередования передаются на письме (следовательно, единое написание одних и тех же морфем не сохраняется), а фонетические чередования на письме не передаются (следовательно, одной и той же буквой обозначается весь ряд позиционно чередующихся звуков, т. е. фонема в понимании Московской фонологической школы). Одни и те же морфемы пишутся одинаково в том случае, когда у них один и тот же фонемный состав, и пишутся по-разному, когда фонемный состав у них различен. Замена фонемы другой фонемой ведет к замене буквы другой буквой. Единообразные написания одних и тех же морфем, так же как и различные их написания, обычно есть проявление фонематического принципа орфографии. Морфологический принцип не является основным ее принципом.

Дифференцировочные написания разграничивают на письме словоформы, совпадающие по фонемному составу: ожог — ожёг, поджог — поджёг, туш — тушь, плач — плачь, рож— рожь, копчик — кобчик, компания — кампания, орел — Орел. Дифференцировочные написания обычно возникают в результате применения разных принципов графики и орфографии к словам с одним и тем же фонемным составом: о в корне слова ожог соответствует фонематическому принципу графики, ё в корне слова ожёг — морфологическому принципу орфографии; мягкий знак в слове тушь пишется по традиционному принципу орфографии, отсутствие этого знака в слове туш соответствует фонематическому принципу графики. В соответствии с традиционным принципом одна и та же гиперфонема может по-разному передаваться на письме: эстакада — 'особый мост над землей или водой для проезда или прохода под ним'; эстокада — спортивный термин, 'прямой перпендикулярный удар рапирой, шпагой, эспадроном в фехтовании'.