К колокольне примыкали две звонницы: Успенская и Филаретовская. В Филаретовской звоннице находится отдельный храм святителя Николая (Гостунского)

Храм Двенадцать апостолов (Двунадесяти апостолов) был построен в 1656 году и освящен в честь апостола Филиппа. В 1681 году храм переосвящен в честь Двенадцати апостолов, а на третьем этаже при кельях Патриарха был устроен домовой храм в честь апостола Филиппа. Собор соединен с Патриаршими палатами в единое здание.

Храм Положения Ризы Божией Матери во Влахерне. Это домашний храм московских митрополитов. Он был построен в 1450 году в память избавления Москвы от нашествия татарского царевича Мазовши. Это событие совпало с праздником Положения Ризы (облачение, одежда) Божией Матери во Влахерне, и храм получил такое название. После постройки Теремного дворца в середине XVII века храм был соединен с теремами дворца.

Деисусный) ряд. Он символизирует моление всей Церкви ко Христу. Центральная икона этого ряда называется «Спас в силах», она изображает Спасителя как Судию всего мира. Слева и справа – изображения Пресвятой Богородицы и Иоанна Предтечи, а также Архангелов, апостолов и святых. Все они предстоят в молитве перед Господом.

Третий чин – праздничный. Здесь изображены главные православные праздники в строгом соответствии с сюжетными и композиционными канонами.

Четвертый ряд содержит изображения ветхозаветных пророков. Именно через пророков было получено откровение о Богородице, от которой воплотился Господь. Поэтому центральная икона этого ряда - Богородичная икона «Знамение».

Пятый ряд иконостаса – это Образ ветхозаветной Церкви. Здесь изображены праотцы от Адама до Моисея, а в центре находится икона «Троица ветхозаветная».

Весь алтарь располагается на возвышенном месте, которое входит в среднюю часть храма и называется солеей. Перед царскими вратами от солеи к середине храма отходит выступ - амвон, на котором диакон или священник произносят ектинии и читают Святое Евангелие. По обеим сторонам от солеи расположены клиросы, где стоят певчие и чтецы.

Однако даже при строгом соблюдении установленных правил и сформировавшихся традиций в устроении православных храмов каждый из них может несколько отличаться от других.

В храме используются высокие столики особой формы со скошенной верхней доской – аналои. На них кладут иконы, Евангелие и другие священные предметы, чтобы прихожане могли к ним прикладываться (целовать их).

Специальный стол с изображением Распятия и многими подставками для свечей называется канун. Перед совершением панихиды и другие заупокойные богослужения, сюда ставятся свечи для поминания усопших.