Основы методологии национального программирования вкратце можно свести к следующим положениям

1)Национальные программы и проекты – это особый, чрезвычайный метод государственного воздействия на процессы социально-экономического, инновационно-технологического, энергоэкологического, территориального развития, опирающегося на прямое участие государства в этих процессах, чтобы изменить траекторию их развития. Этот метод должен применяться там и тогда, где процессы рыночного саморегулирования не способны решать вновь возникшие проблемы, выявляются опасные тенденции и где без прямого вмешательства государства эти тенденции преодолеть нельзя, прежде всего в критических ситуациях.

2)Национальные программы охватывают далеко не всю экономику и социальную сферу, а лишь сравнительное узкое поле стратегического прорыва. Это поле должно быть достаточно узким, чтобы обеспечить концентрацию и перевес сил и для стратегического прорыва, и в то же время достаточно широким, чтобы затем добиться успеха на более широком поле, достичь общего подъема экономики, иметь долговременный успех.

3)Для реализации стратегического прорыва необходима концентрация сил, перераспределение ресурсов в пользу программного сектора, - в противном случае прорыв не может быть обеспечен. Однако при этом нужно сохранить динамическую сбалансированность в масштабе все экономики, чтобы не возникли новые диспропорции и "точка провала". Эта сбалансированность должна соблюдаться как в рамках среднесрочного и текущего индикативного плана.

4)Система национальных программ и проектов должна быть взаимного увязана между отдельными ее составляющими, - тогда возникнет дополнительный, синергетический народнохозяйственный эффект. Если это правило будет нарушено, то система может стать, согласно А.А. Богданову, дезорганизованной, ее общий эффект окажется меньше суммы эффектов ее составляющих элементов (отрицательный синергетический эффект).

5)Управление реализацией национальных программ и проектов должно быть четко организовано и упорядочено, опираться на единую управленческую компанию и инновационное партнерство главных сил: государства, бизнеса, науки, образования и гражданского общества. Отторжение или ослабление любой из этих сил приведет к неуспеху, провалу программы, пустой трате ресурсов, разочарованию в обществе, потере авторитета государства.

6)Разработку и реализацию национальных программ и проектов необходимо строить на профессиональном основе, на системе подготовки, переподготовки, повышения квалификации, непрерывного образования и дистанционного обучения всех участников деятельности – от госслужащих, топ-менеджеров, исследователей, инструкторов – до инженеров, техников, квалифицированных рабочих. Это будет способствовать общему повышению образовательного уровня и востребованности квалифицированных кадров.

7)В управлении разработкой и реализацией национальных программ и проектов инновационного характера (а они, как правило, являются инновационно-прорывными) следует соблюдать принцип "разделения и кооперации властей", трех необходимых составляющих системы программного управления:

А) заказчиков – тех, кто определяет содержание программы (проекта), обеспечивает ее ресурсами, осуществляет государственную приемку и использование полученных результатов;

Б) научных руководителей (генеральных и главных конструкторов) – кто выражает основную идею, существо программы (проекта), обеспечивает научное сопровождение и авторский надзор за практическим воплощением этой идеи;

В) исполнительных органов – управляющей компании, исполнительной дирекции программ и проектов, организующих их выполнение, использующих выделенные ресурсы и отвечающих за полученные результаты.