В сучасній систематиці співіснує декілька підходів до класифікації кісточкових культур. За систематикою Енглера до роду Prunus відносять всі види плодових культур плід у яких – однонасінна кістянка. Таким чином в один великий рід об’єднали вишню, черешню, сливу, мигдаль, абрикос і персик. За системою М.В. Ковальова та К.Ф. Костіної з 1956 р. виділено підродину Prunoideae, в яку включено п’ять родів: рід Prunus L., з підродами Euprunus і Prunocerasus; рід Cerasus, з підродом Microcerasus; рід Armeniaca, рід Amygdalus та рід Persіca. Систематика радянських вчених була запроваджена в країни Східної Європи, але з 1976 р. там повернулися до системи Енглера, якою продовжували користуватися їхні сусіди в Західній Європі.
| Родина розанних
Rosaceae L.
|
| Підродина сливові
Prunoideae
|
| Рід
Prunus L.
|
| Рід
Armeniaca Mill.
|
| Рід
Persіca Mill.
|
 Euprunus
|
| Prunocerasus
|
| Слива домашня
P. domestica L.
|
| Слива американська
P. аmericana March.
|
| Абрикос чорний
A. dasycarpa Pers.
|
| Персик звичайний
P. vulgaris Mill
|
| Тернослива
P. domestica, ssp insititia L.
|
| Слива канадська
P.nigra Ait.
|
| Абрикос японський
A. mume Sieb.
|
| Персик ферганський
P. ferganensis Kovet et Kost
|
| Терен
P. spinosa L.
|
| Інші види америка-ських слив
|
| Абрикос сибірський
A.sibirica Lam.
|
| Персик кяньсуанський
P. kansuensis Rehd.
|
| Алича
P. divaricata Led.
(P. cerasifera Ehrh.)
|
| Абрикос манч-журський
A. manshurica Skvortz.
|
| Персик Давида
P. davidiana Franeh.
|
| Слива китайська або японська,
P. salicina Lindl.
|
| Абрикос звичайний
A. vulgaris Mill.
|
| Персик дивний P. mira Koehne Kovet et Kost
|
Рис. 53. Систематика родів Prunus L., Armeniaca Mill. і Persіca Mill.
З 1995 р. в Україні зроблена спроба користуватися систематикою Енглера. В каталогах сортів плодових культур вже вишню і черешню, а також абрикос і персик заносили до роду Prunus. Але в підручника з плодівництва, а також селекції надалі продовжують використовувати систематику радянської епохи. Хоча цей підхід до систематики кісточкових логічно обґрунтований і має повне право на використання, та загальна європейська уніфікація порушена. Через те спеціалістам плодоводам необхідно вільно володіти двома підходами до класифікації кісточкових.
Всі роди за системою М.В. Ковальова та К.Ф. Костіної належать до родини Rosaceae L. підродини Prunoideae з основним числом хромосом x=8. При цьому спостерігається істотний поліморфізм гомеологічних хромосом. Через що схрещування між окремими рівно-хромосомними видами важко вдаються і гібриди найчастіше бувають стерильними, наприклад між мигдалем і абрикосом, а між різно-хромосомними, наприклад вишнею і черешнею, тереном і аличею, вдаються добре і можна отримати плодовитих нащадків.
Кількість видів кожного роду відома і добре вивчена, але не остаточна оскільки ще досі в субтропіках Східної Азії відкривають нові види і долучають до системи.
Існує декілька центрів походження окремих видів кісточкових культур: китайсько-японський, середньоазіатський, передньоазіатський і північноамериканський. Види легко схрещуються між собою.
