- Большинство разновидностей mo-cap дорогостоящи, компьютерная анимация дешевле.
- В mo-cap движения персонажа ограничиваются законами физики.
- Если анимируемая модель имеет другие пропорции, нежели актёр, возможны проблемы. Например, у «толстого» мультяшного персонажа, который анимирован данными, снятыми даже с очень полного человека, руки могут «входить» в туловище.
- Не всегда реалистичные движения удаётся хорошо приспособить к компьютерной модели (даже имеющей обычные человеческие пропорции). Взаимодействие персонажа с крупными декорациями (например, герой подходит к двери и открывает её) в компьютерных играх часто передаётся нереалистично. Кроме того, часто в замысел режиссёра входит «гиперболизирование» движений за счёт меньшего соответствия законам физики. Например, прежде чем прыгнуть, человек делает особый шаг с приседанием. В компьютерных играх этого шага зачастую нет, чтобы не было задержки между нажатием кнопки и прыжком.
- Трудности с ручным редактированием и «сшивкой» разных дублей mo-cap.
- Разнообразие. Нарисованные персонажи могут выполнять гораздо больше движений, которые люди повторить не могут.
Мультипликаторы сравнивают mo-cap с фотографией, а ручную мультипликацию — с карандашным рисунком. В зависимости от ситуации, предпочтение может быть отдано в равной мере и той и другой технологии.