Множества позиционно чередующихся звуков могут пересекаться, в этом случае одни и те же звуки относятся к разным фонемам

Представители СПФШ считают, что фонемы представляют собой непересекающиеся множества звуков, каждая фонема имеет свой набор аллофонов, отличный от набора аллофонов любой другой фонемы. Поэтому представители СПФШ для сигнификативно слабых позиций выдвигают иной критерий, чем для сильных,— фонетическое сходство звуков, проявляющееся в общности их признаков. Это именно тот критерий, который они отвергают при анализе сильных позиций. По теории СПФШ в слове гусь в словосочетании гусь пришел звук [с¹] является представителем фонемы <с'>, а в слове гусь в словосочетании гусь зашел звук [з¹] — представитель <з'>. Основанием для такого решения является близость звука [с'] в гусь пришел к звуку [с'] сильной позиции, например, в словоформе гуси, в слове сила или в слове сено, и близость [з'] в гусь зашел к звуку [з'] сильной позиции, например, в слове зима или в слове взять.

Точно так же в слове вода [вада] по теории МФШ предударный [а] -является представителем <о>, так как в сильной позиции в корне выступает [о]: [воды]. В этих формах наблюдается чередование звуков [а // о], но фонема, реализованная данными звуками, одна и та же - <о>. По теории СПФШ предударный [а] в слове [вада] является представителем фонемы <а>, так как он больше похож на звук [а] под ударением, чем на [о]. С этой точки зрения в [вада] — [воды] наблюдается чередование фонем <а // о>. Отсюда и разная фонематическая транскрипция слова: <вода> по МФШ и <вада> по СПФШ.

Критерий фонетической близости звуков приводит к необходимости вводить дополнительные критерии для отнесения звуков к той или иной фонеме. Так, звук [ъ], встречающийся только в сигнификативно слабой позиции, например, в слове [въдавос] — водовоз, в равной степени отличен и от звука [ы], и от звука [а]. Поэтому одни представители СПФШ относят его к фонеме <а>, другие к выделяемой ими в отличие от представителей МФШ фонеме <ы>. Для таких случаев вводится еще один критерий: надо посмотреть, на что похож звук при четком проговаривании слова. На основании этого критерия считается, что [ъ] ближе к [а] и, следовательно, его надо приравнивать к <а>. Для представителей МФШ вопрос решается только на основании соотнесения звука [ъ] с сильной позицией в той же морфеме: [въдавос] — [воды]. Поэтому [ъ] здесь — представитель фонемы <о>.