| Рестриктаза
| Последовательность олигонуклеотидов в окрестностях сайта рестрикции
| Длина цепи, нт
| Процент расщепления олигонуклеотида после инкубации в течение
|
| 2 ч
| 20 ч
|
| BamH I
| C GGATCC G
CG GGATCC CG
CGC GGATCC CGC
|
|
>90
>90
|
>90
>90
|
| Bgl II
| C AGATCT G
GA AGATCT TC
GGA AGATCT TCC
|
|
|
>90
>90
|
| Cla I
| C ATCGAT T
G ATCGAT C
CC ATCGAT GG
CCC ATCGAT GGG
|
|
>90
|
>90
|
| EcoR I
| G GAATTC C
CG GAATTC CG
CCG GAATTC CGG
|
| >90
>90
>90
| >90
>90
>90
|
| Hind III
| C AAGCTT G
CC AAGCTT GG
CCC AAGCTT GGG
|
|
|
|
| Nhe I
| G GCTAGC C
CG GCTAGC CG
CTA GCTAGC TAG
|
|
|
|
| Pst I
| G CTGCAG C
TGCA CTGCAG TGCA
|
|
|
|
Таблица II.1 (окончание)
| Рестриктаза
| Последовательность олигонуклеотидов в окрестностях сайта рестрикции
| Длина цепи, нт
| Процент расщепления олигонуклеотида после инкубации в течение
|
| 2 ч
| 20 ч
|
| Pvu I
| C CGATCG G
AT CGATCG AT
TCG CGATCG CGA
|
|
|
|
| Sac I
| C GAGCTC G
|
|
|
|
| Sac II
| G CCGCGG C
TCC CCGCGG GGA
|
|
|
>90
|
| Sma I
| CCCGGG
C CCCGGG G
CC CCCGGG GG
TCC CCCGGG GGA
|
|
|
>90
|
| Spe I
| G ACTAGT C
GG ACTAGT CC
CGG ACTAGT CCG
CTAG ACTAGT CTAG
|
|
| >90
>90
|
| Sph I
| G GCATGC C
CAT GCATGC ATG
ACAT GCATGC ATGT
|
|
|
|
| Xba I
| C TCTAGA G
GC TCTAGA GC
TGC TCTAGA GCA
CTAG TCTAGA CTAG
|
|
>90
|
>90
>90
>90
|
| Xho I
| C CTCGAG G
CC CTCGAG GG
CCG CTCGAG CGG
|
|
|
|
| Примечание. Курсивом выделены последовательности сайтов рестрикции.
|
ДНК-метилазы. Большинство штаммов E. coli содержит два типа ферментов, метилирующих ДНК: dam- и dcm-метилазы. Первая осуществляет перенос метильных групп в N-положение аденина в последовательности GATC. В таком случае многие рестриктазы (например Bcl I, Mbo I или Cla I), в состав сайтов рестрикции которых входит данная метилированная последовательность, перестают расщеплять ДНК по этим сайтам. Аналогичное действие на некоторые рестриктазы, например EcoR II, оказывает и dcm-метилаза, осуществляющая метилирование остатков цитозина по положению С5 в последовательностях CMeCAGG и CMeCTGG. Для того чтобы избежать нежелательного влияния этих метилаз на клонируемые ДНК, в качестве хозяев используют мутантные штаммы E. coli: dam- и dcm-. ДНК-метилазы бактериальных систем рестрикции и модификации применяют для блокирования in vitro соответствующих сайтов рестрикции на исследуемых фрагментах ДНК с целью получения под действием гомологичных рестриктаз фрагментов больших размеров.
