Механизмы позитивной регуляции транскрипции

При обсуждении механизмов внутриклеточной передачи сигнала были упомянуты регуляторные белки, взаимодействующие со специфическими последовательностями нуклеотидов генов и получившие название факторов транскрипции. Именно эти белки вносят основной вклад в тонко регулируемую экспрессию генов на уровне транскрипции. Больше тысячи таких белков разных организмов уже идентифицированы, а общее их число, по некоторым оценкам, составляет не менее нескольких тысяч. В табл. I.13 суммирована информация о 996 известных факторах транскрипции, представленная в базе данных TRANSFAC к концу 1999 г. в соответствии с классификацией, принятой в той же базе данных. Эта классификация основана на гомологии первичных и вторичных структур факторов транскрипции. Каждому фактору соответствует пятизначный цифровой код, первая цифра которого относится к суперклассу, вторая – к классу, третья – к семейству, четвертая – к подсемейству и, наконец, пятая является видовой характеристикой фактора.

Все известные факторы транскрипции на основании гомологии первичных структур их полипептидных цепей разделяют на четыре больших суперкласса: 1) факторы с доменами, обогащенными основными аминокислотами (284 фактора); 2) факторы с ДНК-связывающими доменами, координирующими ионы Zn²⁺ (148 факторов); 3) факторы, содержащие домены типа "спираль–поворот–спираль" (369 факторов); 4) факторы, содержащие домены типа b-scaffold, образующие контакты с малой бороздкой ДНК (156 факторов). Кроме того, 39 факторов, не попадающих по своим структурным особенностям ни в один из вышеперечисленных суперклассов, отнесены к суперклассу 0. Внутри суперклассов факторы разделяются на классы структурно родственных белков, которые, в свою очередь, подразделяются на семейства и подсемейства. Такое разнообразие регуляторных белков у эукариот обусловлено наличием у них большого количества генов и необходимостью тонкой регуляции их экспрессии на протяжении жизненного цикла.

Таблица I.13