Основним способом оперативного застосування літаків Е-ЗА, є несення ними бойового патрулювання в зоні

Типовий політ триває 8—10 год., з них, як правило, більше 2 год. займає переліт у район патрулювання й назад. При зльоті з основної авіабази, якщо зона чергування перебуває на значному видаленні, політ відбувається на висоті 9000—10 000 м, а баражування в зоні на висоті 8500 — 9000 м. Прибувши в заданий район, літак переходить в оперативне підпорядкування командування, за заявкою якого він буде виконувати завдання. Безпосереднє керування їм здійснює ЦУО об'єднаної системи ППО NАТО (у зоні його відповідальності проводиться політ). Завдання на політ видається у вигляді оперативного наказу, що звичайно доводить до членів екіпажа й вивчається ними на землі, а в окремих випадках - у повітрі після прибуття в район патрулювання. Після виконання завдання літак або вертається на основну авіабазу, або сідає на найближчу передову базу й надалі діє з неї.

По поглядах військових експертів NАТО, в умовах інтенсивного застосування засобів РЕБ найбільш ефективним способом бойового застосування літаків Е-ЗА є їхнє патрулювання парами в сусідніх районах з деяким перекриттям контрольованого простору й маневром по висоті.