По Максаму- Гилберту

Сначала проводят четыре реакции модификации оснований: 1) модификацию аденина; 2) модификацию цитозина; 3) модификацию аденина и гуанина; 4) модификацию тимина и цитозина. Проводимая модификация затрагивает в каждой из всего множества присутствующих цепочек ДНК всего лишь один нуклеотид, благодаря подбору концентраций реагентов и использованию стоп-буферов. После чего по модифицированным основаниям проводят разрыв цепи. Таким образом, в результате четырех типов реакций образуется смесь олигонуклеотидных молекул, различающихся по размеру на один нуклеотид и несущих на одном из концов метку.

Этапы секвенирования путем химической деградации:

1. Мечение одного конца ДНК.

2. Проведение реакций модификации азотистых оснований и расщепление цепи ДНК по модифицированным основаниям.

Диметилсульфат используют для модификации аденина и гуанина, гидролиз по аденину проводится под действием кислой, а потом щелочной рН, гидролиз по гуанину происходит под действием пиперидина.

Гидразин используют для модификации цитозина и тимина в бессолевой среде, а в солевой среде (2М NaCl) только цитозина, расщепление модифицированных оснований происходит по действием пиперидина.

3. Секвенирующий электрофорез, радиоавтография, учет результатов.

4. Анализ информации, закодированной в секвенированном фрагменте.