ДНК гибридизации

а) риботипирование. Используют для типирования микроорганизмов. Исследуемую ДНК нарезают рестриктазами на фрагменты, которые разделяются электрофорезом и переносят на мембрану. К фиксированным ДНК-фрагментам добавляют ДНК-зонды - 16S или (и) 23S рРНК опероны изучаемого вида микроорганизмов, меченые хемоколориметрической или хемилюминесцентной системой; в результате образуются легко выявляемые комплексы.

б) ДНК гибридизация. Используют для идентификации и типирования микроорганизмов. Меченые с интетические олигонуклеотидные зонды известной специфичности вступают в гибридизацию с изучаемой ДНК с образованием флюоресцирующих дуплексов.

В) гибридизационные биочипы.

Полимеразной цепной реакциИ

В настоящее время существует огромное множество модификаций классической ПЦР, которые расширяют ее диагностические возможности:

А) Классическая ПЦР.

б) ПЦР с обратной транскрипцией. Используют для изучения РНК содержащих вирусов. При помощи обратной транскриптазы на РНК синтезируется копия ДНК – кДНК, которую амплифицируют в стандартной ПЦР.

В) Гнездовая ПЦР. Разработана для увеличения чувствительности, специфичности реакции, позволяет определять нуклеиновые кислоты, присутствующие в очень низкой концентрации. ПЦР проводят последовательно с двумя разными парами праймеров. ДНК продукты, образуемые в первой ПЦР, способны взаимодействовать со второй парой праймеров.

Г) Мультипраймерная ПЦР. Одновременное использование нескольких пар праймеров позволяет приводить амплификацию нескольких генетических детерминант, что сокращает время и расход реактивов.

д) ПЦР в реальном времени. Используют для определения точечных мутаций в ДНК и количественного содержания ДНК в пробе, а также определения экспрессии генов. Существует два подхода:

- Taq-man методология. Основана на регистрации в процессе проведения ПЦР усиливающегося флуоресцентного сигнала, вследствие высвобождения флюоресцирующего вещества. Особенностью этой реакции является использование олигонуклеотидной пробы с присоединенными к разным концам молекулами сигнализатора и стабилизатора сигнала. Такая проба, связавшись с комплементарным участком ДНК, разрушается ДНК-полимеразой (проявляет экзонуклеазную активность), что приводит к высвобождению сигнализатора из-под действия стабилизатора сигнала, что сопровождается флюоресценцией.

- SYBR green методология. Регистрирует увеличение флюоресценции в результате присоединения флюорофора SYBR green к образуемым дуплексам ДНК с последующей его эмиссии.

ж) Широкодиапазонная ПЦР. Используется для определения присутствия микроорганизмов, в том числе неизвестных и некультивируемых, в клиническом материале от больного. Для этого применяют универсальные праймеры, которые взаимодействуют с высоко консервативными участками ДНК, встречающимися у многих микроорганизмов (гены 16S рРНК).

з) RAPD анализ (анализ полиморфизма случайно амплифицированной ДНК). Используют праймеры, способные связываться с разными участками ДНК, в результате чего образуются многочисленные фрагменты разной длины, по количеству и размерам которых судят о групповой или видовой принадлежности.

и) Ассиметричная ПЦР. Один из праймеров берут в концентрации в 10 раз большей, чем другой, чем добиваются преобладания среди продуктов реакции одноцепочечных ДНК над дуплексами (важно для секвенирования).