Можно определить две большие группы этих проблем

Во-первых, это проблемы, связанные со слабой нормативно-правовой базой, регламентирующей осуществление финансового контроля в РФ. Эту группу составляют такие правовые упущения, как:
- отсутствие четкой законодательной определенности полномочий контрольных органов;
- смешение контрольных функций органов, пересечение их сфер деятельности;
- неопределенность круга объектов финансового контроля; отсутствие алгоритма и порядка реагирования на выявленные нарушения как органов, так и объектов контроля; низкая оперативность принятия нормативных правовых актов, регулирующих деятельность по осуществлению финансового контроля; отсутствие четких внутренних стандартов составления нормативно-правовых актов;
- "оторванность" стратегического финансового контроля от текущего финансового контроля.
Приведем пример. Так, в Конституции РФ лишь затронут вопрос о финансовом контроле и контрольных органах. В статье Бюджетного кодекса РФ "Понятия и термины, применяемые в настоящем кодексе" отсутствует термин "финансовый контроль". Кроме того, в Бюджетном кодексе отсутствует полный перечень органов, наделенных полномочиями финансового контроля (в качестве контрольного органа упомянута лишь Счетная палата РФ).
Вторую группу проблем составляют проблемы связанные с недостатками работы органов финансового контроля. К этой группе относятся такие проблемы, как: недостаточность и неправомерность мер по исполнению доходной части бюджета (сбор налогов и сборов, установление различных льгот и освобождение от уплаты платежей, растущая задолженность перед бюджетом); невыполнение требований соответствующих нормативных актов; отсутствие должного контроля за эффективным расходованием государственных финансовых средств, в том числе иностранных займов, полученных под гарантии Правительства РФ; нарушения самими контрольными органами действующего законодательства; нецелевое расходование средств; функциональная разобщенность органов финансового контроля и некоторые другие проблемы.