Image( X1 ); colormap( map1 );

создаётся графический объект Image системы MATLAB, которому в графическом окне MATLABа соответствует реальное изображение:

Поскольку мы не управляем размером графического окна системы MATLAB, то оно появляется на экране с некоторым разумным размером, заданным по умолчанию. Далее, так как наше изображение состоит из двух рядов по пять пиксел в каждом, а это очень мелкое изображение (физический размер пиксела экрана примерно равен 0.2 мм), то MATLAB по умолчанию масштабирует его (увеличивает), чтобы можно было разглядеть это изображение. Если требуется отменить такое масштабирование, то следует указать явно нужные размеры:

[ m, n ] = size(X1);

figure('Units', 'pixels', 'Position', [100 100 n m]);